1526 wurde der habsburgische Ferdinand I. aufgrund von Erbverträgen zum König von Ungarn gewählt. Ferdinand blieb aber in seiner Herrschaft auf einen schmalen Gebietsstreifen beschränkt, der das nordwestliche Kroatien, die angrenzenden ungarischen Gebiete bis zum Plattensee und im Nordosten die Zips umfasste. Das Kernland und Siebenbürgen kamen unter türkische Herrschaft.
Ab Mitte des 16. Jahrhunderts setzten sich in Ungarn vermehrt Luthertum und Calvinismus durch. Gegenreformatorische Bestrebungen der Habsburger führten im 17. Jahrhundert zum Zusammenschluss des oppositionellen, protestantischen Adels, um mit Unterstützung der Türken und Siebenbürgen das habsburgische Königtum zu stürzen. Doch trotz der starken innerungarischen Opposition konnten die Habsburger im großen Türkenkrieg von 1683 bis 1699 fast ganz Ungarn und Siebenbürgen erobern.
Fürst Franz II Rákóczi von Siebenbürgen scheiterte Anfang des 18. Jahrhunderts mit dem Versuch, unter Ausnutzung der Schwierigkeiten der Habsburger im Spanischen Erbfolgekrieg ein unabhängiges nationales Königtum zu errichten. Unter König Karl III. von Ungarn begann die Wiederbesiedlung des durch die Türkenherrschaft und Kriege entvölkerten Landes. In der Batschka und im Banat wurden vor allem Deutsche („Donauschwaben“) angesiedelt. Es kamen aber auch Serben, Kroaten, Rumänen und Slowaken ins Land.
Im österreichischen Erbfolgekrieg gelang es Maria Theresia, den ungarischen Adel für das Habsburger Königtum zu gewinnen. Das 1804 neu geschaffene Kaisertum Österreich umfasste nun Ungarn, das während der Napoleonischen Kriege treu zu den Habsburgern stand. Nach der Julirevolution 1830 gewann Kossuth vermehrt Einfluss. Er war der Motor der Revolution von 1848 in Ungarn. Nach der Niederlage Österreichs im Deutschen Krieg von 1866 wurde Ungarn weitreichende Selbständigkeit eingeräumt.